Theo Lệnh hành pháp 13394, ngày 22 tháng 12 năm 2005, Tổng thống George W. Bush đã sửa đổi lại thứ tự kế nhiệm chức vụ Bộ trưởng Quốc phòng Hoa Kỳ trong trường hợp bộ trưởng vắng mặt hay không thể làm việc như sau:

1. Thứ trưởng bộ Quốc phòng Hoa Kỳ
2. Thứ trưởng quốc phòng đặc trách tình báo
3. Thứ trưởng quốc phòng đặc trách chính sách
4. Thứ trưởng quốc phòng đặc trách quân dụng, kỹ thuật và tiếp vận
5. Bộ trưởng Lục quân Hoa Kỳ
6. Bộ trưởng Không quân Hoa Kỳ
7. Bộ trưởng Hải quân Hoa Kỳ